Пермакултурата се занимава със създаване набор от дизайнерски инструменти. Дизайнерът наблюдава взаимодействието между екосистемите и с помощта на тези инструменти създава дизайн. Един прост пример за взаимодействие в екосистемата е слънцето, което взаимодейства с растението, като му осигурява енергия за неговия растеж. Растението може да бъде опрашено от пчелите или изядено от сърните, това пък от своя страна може да доведе до разпространение на други семена, от които да израснат високи дървета, които пък ще представляват подслон на тези създания от вятъра. Пчелите могат да бъдат храна за птиците, а дърветата убежище за птиците. Листата на дърветата падат и изгниват, като по този начин създават храна за малките насекоми, гъбите и червеите. Такава мрежа от сложни взаимоотношения позволява на разнообразната растителна и животинска популация да оцелее. Това, което пермакултурата допринася е именно осъзнаване на ефективността и продуктивността, с която на природните екосистеми използват енергията (била тя вятър, гравитация, слънце, огън, вълни и тн.) и приложение на тези ефективни естествени методи за създаване на дизайн, който да осигури и човешките нужди .

Методология на дизайна

• Наблюдение Позволява първо да видите как пространството функционира само за себе си и да разберете първоначалните връзки. Някои препоръчват поне една година за наблюдение, преди каквото и да е действие да се извърши.  В този период наблюдаваме естествените елементи и взаимодействието им с различните енергии, които идват от вън (слънце, вятър, вода, съседи и тн). И не забравяйте, че е възможна значителна разлика между различните години. 
• Визия. От какво се нуждае земята? От какво се нуждаете вие? Какви са вашите умения, време, пари, ограничения, ресурси? Време за дълги списъци - разделете елементите на категории - вода, структури, достъп, растения, животни
• Планиране. приоритети, анализ (относително местоположение на елемента, зонов и секторен анализ).
  
• Развитие. Работни чертежи, детайлна документация, приоритети, план за внедряване. 
• Внедряване. - Процес по оформяне на пространството. Първо започнете с разместването на земни маси - езера, лъкатуши, след това сгради и структури, мулчиране, дървета, храсти, покривни
• Поддръжка -  поддържане на пространството в здравословен оптимум, като се правят малки корекции ако е необходимо. Добрият дизайн ще осуети нуждата от големи корекции.